Как заставить молекулу двигаться? На первый взгляд кажется, что молекулярная динамика —... — 26 июля 2026 г. в 08:03:27.770
Как заставить молекулу двигаться? На первый взгляд кажется, что молекулярная динамика — это какая-то невероятно сложная магия. Но в ее основе лежит идея, которую изучают еще в школе. На каждом шаге алгоритм знает, где находятся атомы и с какой скоростью они движутся. Затем вычисляет силы, действующие на каждый атом, применяет второй закон Ньютона и определяет, где атом окажется через крошечный промежуток времени — всего 1–2 фемтосекунды. Потом все повторяется снова. И снова. И снова. И снова… Так шаг за шагом складывается траектория движения молекулы. Чтобы смоделировать всего одну микросекунду ее жизни, компьютеру приходится выполнить около миллиарда таких шагов. Именно поэтому молекулярная динамика десятилетиями считалась одной из самых ресурсоемких задач в вычислительной биологии. Как ученым удалось сократить время расчетов с месяцев до часов? Какие алгоритмы скрываются за этими вычислениями? И почему сегодня такие расчеты стали доступны не только владельцам суперкомпьютеров? Об этом рассказываем в новой статье спецпроекта «Молекулярная динамика». #Биомолекула_Инфографика