Если после прочтения нашего нового интервью вы хотите поближе познакомиться с исследова...
Если после прочтения нашего нового интервью вы хотите поближе познакомиться с исследованиями Андрея Кульбачинского и его коллег, мы собрали для вас подборку их ключевых работ. Здесь — и фундаментальные исследования транскрипции, и работы по РНК-полимеразе, и статьи о SARS-CoV-2, и недавние открытия в области аптамеров. 🧬 Как испортить РНК-полимеразу, чтобы понять, как она работает Исследователи изучили, как точечные мутации в CRE-кармане бактериальной РНК-полимеразы влияют на разные этапы транскрипции. Оказалось, что взаимодействия этого кармана с нетранскрибируемой цепью ДНК важны не только для инициации, но и для элонгации и терминации. Работа показывает, что даже небольшие изменения в структуре фермента могут тонко модулировать его работу. ✂️ Что делает сигма-фактор на выходе из РНК-полимеразы? Сигма-субъединица РНК-полимеразы traditionally считается фактором инициации, но эта работа показывает, что её регион 3.2 работает и на более поздних этапах. Он помогает синтезу первых нуклеотидов РНК, способствует «побегу» промотора и даже участвует в диссоциации сигма-фактора. Авторы предполагают, что похожие механизмы существуют и у эукариот. 🪤 Аптамер-ловушка для экстремофильной РНК-полимеразы Исследователи создали синтетический ДНК-аптамер, который с субнаномолярной аффинностью связывается с РНК-полимеразой экстремофильных бактерий Deinococcus-Thermus. Аптамер блокирует взаимодействие фермента с ДНК-матрицей и останавливает элонгацию. Такой «капкан» можно использовать для структурных исследований и поиска ингибиторов транскрипции. 🧩 6S РНК, pRNA и вторичный канал: кто кого регулирует? Малая некодирующая 6S РНК имитирует промоторы ДНК и подавляет транскрипцию в стационарной фазе. Авторы показали, что синтез короткой pRNA зависит от контактов 6S РНК с сигма-фактором и CRE-карманом, а также модулируется факторами вторичного канала DksA и GreB. Работа раскрывает детали того, как клетка переключает транскрипцию в ответ на стресс. ⚙️ Как ДНК-полимераза йота читает повреждения Человеческая ДНК-полимераза йота — это фермент, который может «перепрыгивать» через повреждения ДНК, но работает с низкой точностью. Авторы показали, что замена определённых аминокислот в активном центре снижает активность, но повышает точность. А ещё выяснилось, что в зависимости от иона металла (Mg²⁺ или Mn²⁺) фермент использует разные типы спаривания оснований. Это помогает понять, как полимераза йота балансирует между скоростью и точностью. 🦠 Полиморфизмы коронавирусной РНК-полимеразы: слабые места для лекарств Авторы исследовали, как естественные мутации в nsp12 — каталитической субъединице РНК-зависимой РНК-полимеразы SARS-CoV-2 — влияют на активность фермента и его чувствительность к ингибиторам. Некоторые мутации снижают активность, но не мешают действию лекарств. Работа предупреждает: при разработке противовирусных препаратов нужно учитывать разнообразие вариантов вируса. 🧪 Как модификации РНК останавливают коронавирусную полимеразу Исследование показало, что РНК-полимераза SARS-CoV-2 не может эффективно достраивать праймеры с неспаренными основаниями и не умеет сама исправлять ошибки. А ещё выяснилось, что некоторые природные модификации РНК (3-метилуридин, 1-метилгуанозин, 2'-O-метилирование) сильно блокируют синтез РНК. Это открывает путь к созданию новых противовирусных соединений на основе модифицированных нуклеотидов.