ИС

ИЦиГ СО РАН

Образование · 2 ноября 2026 г.

Открыть канал в MAX

📍 ИЦиГ СО РАН разработал доступный инструмент для поиска трансгена в геноме

📍 ИЦиГ СО РАН разработал доступный инструмент для поиска трансгена в геноме Команда Наримана Баттулина (лаборатория стабильности генома) разработала метод MYSTIC-seq (Mapping Your Secret Transgene Integration Coordinates), который позволяет определить, в какой именно участок генома встроилась генетическая конструкция. Для этого достаточно стандартного секвенирования коротких прочтений, без дорогих технологий длинных прочтений и разработки специальных зондов. Метод дешевле альтернативных и доступен геномным лабораториям. ▫️Зачем это нужно? При создании трансгенных животных генетическая конструкция обычно встраивается в случайный участок генома. А от того, куда именно она попала, зависит, как будет работать трансген. Например, окружающий хроматин может подавлять его экспрессию, встраивание может сопровождаться делециями и другими перестройками. ▫️Как это работает? Для поиска трансгена зонды получают непосредственно из исходной плазмиды, использованной при создании генетической конструкции. С их помощью из ДНК животного выделяют фрагменты, содержащие трансген и соседние участки генома. Затем их секвенируют на стандартной платформе Illumina (умеренная глубина покрытия ~ 1 млн. прочтений на образец). Место встраивания определяют по скоплению прочтений в соответствующем участке генома и по фрагментам, содержащим одновременно последовательности трансгена и генома животного. ▫️Что показали испытания? Метод проверили на трёх линиях трансгенных мышей. Для одной из них (ACE5) удалось определить обе границы встраивания и обнаружить, что вместе с трансгеном произошла потеря участка генома размером около 54 тыс. пар нуклеотидов. Это позволило разработать ПЦР-тест для определения зиготности и получить гомозиготную линию без дополнительных скрещиваний. Для двух других линий также удалось определить места встраивания, необходимые для генотипирования. Результаты работы опубликованы в журнале Transgenic Research. Пресс-служба Института цитологии и генетики СО РАН