Основное обвинение, которое ему предъявлялось, состояло в том, что «контрреволюционная ... — 2 ноября 2025 г. в 09:32:19.255
Основное обвинение, которое ему предъявлялось, состояло в том, что «контрреволюционная организация, одним из руководителей которой он являлся, ставила своей политической задачей борьбу с Советской властью и её свержение, для достижения чего проводилось вредительство в народном хозяйстве». Из 21 человека шестеро не признали вину, в их числе был Жернаков. Во время следствия его самочувствие заметно ухудшилось, к нему неоднократно направляли врача, появились галлюцинации, о чём было указано в медицинском освидетельствовании от 29 марта 1931 года. Тем не менее уже 11 июня после медицинского обследования был сделан вывод, что он психически здоров, а 16 июня ему предъявляют обвинение в симуляции душевного расстройства. Дело Жернакова сразу направили в Коллегию ОГПУ на рассмотрение во внесудебном порядке, в результате чего он был приговорён к пяти годам лагерей. 21 сентября 1932 года постановлением Президиума ЦИК СССР срок заключения с учётом ходатайства Жернакова о помиловании («с отбыванием в поселке Каменка, что под Новосибирском») был изменён на три года. После освобождения вернулся к семье в Томск, где жил у своей сестры Лидии Ипполитовны. Умер в сентябре 1942 года в Томске. Был похоронен возле часовни на томском кладбище. Реабилитирован в октябре 1991 года. Почетный гражданин Новосибирска.