Пакетный менеджер удобен ровно до того момента, пока в систему не начинают подключать в...
Пакетный менеджер удобен ровно до того момента, пока в систему не начинают подключать всё подряд. Правила, которые спасают. Один источник правды: официальные репозитории дистрибутива. Сторонние подключайте осознанно и по одному. Приоритеты. Если подключили внешний репозиторий, ограничьте, какие пакеты из него берутся, иначе он подменит системные библиотеки и обновление превратится в кашу. Не смешивайте пакеты и установку из исходников в одни и те же пути: пакетный менеджер о ваших файлах не знает и однажды их перезапишет. Держите список установленного вручную: он пригодится при переносе. Перед крупным обновлением смотрите, что именно поедет: список изменений и удерживаемые пакеты. И про удаление: команда очистки способна утащить зависимости, которые нужны другому сервису. Читайте, что вам предлагают удалить, — эта привычка однажды спасёт прод. Подключаете сторонние репозитории или живёте на официальных?