До появления AlphaFold структуру белка часто предсказывали по гомологии — буквально «на... — 2 сентября 2026 г. в 12:04:20.135
До появления AlphaFold структуру белка часто предсказывали по гомологии — буквально «натягивали» изучаемую последовательность белка на структуру близкого эволюционного родственника (гомолога). Появление AlphaFold, а затем AlphaFold 2 в 2021 году перевернуло жизнь структурных биологов. С важным ограничением: область применения этих инструментов ограничивалась изолированными белками — они плохо справлялись с олигомерами и комплексами белков с малыми молекулами и нуклеиновыми кислотами. Причина в том числе в индуцированном соответствии. Дело в том, что, связываясь с лигандом, белок может изменить свою форму и «подстроить» связывающий карман под партнера. Прямо как люди подстраиваются друг под друга в отношениях! Поэтому недостаточно знать структуру белка в свободном состоянии — нужно уметь моделировать их совместное сворачивание, или кофолдинг. Именно этому научили AlphaFold 3! Он изначально проектировался для предсказания не только структуры отдельных белков, но и комплексов различных биомолекул. Хорошо ли он справляется с этой задачей? На этот вопрос отвечаем в нашей новой статье в рамках спецпроекта с Центральным университетом. #Биомолекула_инфографика