Как выглядит молекулярный «нож» иммунной системы бактерий — белок-аргонавт?
Как выглядит молекулярный «нож» иммунной системы бактерий — белок-аргонавт? Научный сотрудник лаборатории антимикробных агентов ИБГ РАН Лидия Лисицкая тесно сотрудничает с командой Андрея Кульбачинского в части работы с бактериальными белками-аргонавтами. Вместе они показали нам небольшой кусочек их работы! «Структурное моделирование можно легко делать с помощью AlphaFold – системы на базе искусственного интеллекта от Google DeepMind. От нас требуется аминокислотная последовательность белка, на основе которой, учитывая уже имеющиеся структурные данные, программа предсказывает, как этот белок будет выглядеть и как он может взаимодействовать с нуклеиновыми кислотами. В данном случае на изображении мы видим желто-зеленый белок-аргонавт, который связывает однонитевую гидовую РНК (синяя спираль) и однонитевую ДНК (красная спираль). Но сам этот белок не обладает нуклеазной активностью. Чтобы разрезать мишень, ему нужен белок-партнер. Здесь он красно-синий. Глядя на такую модель, мы можем предсказать, какие части белка за что отвечают, и проверить эти предсказания в эксперименте, а затем и получить реальную структуру комплекса методами криоэлектронной микроскопии». Такие аргонавты — часть древней системы иммунитета бактерий. Они могут стать альтернативой CRISPR/Cas: они меньше, используют более короткие гидовые последовательности и не требуют специальных PAM-мотивов. Хотите узнать, как бактерии защищаются от вирусов и почему это важно для генной инженерии? Читайте полное интервью с Андреем Кульбачинским в нашем новом интервью. Проект «Биология в России: люди и открытия» реализуется Биомолекулой при поддержке Министерства науки и высшего образования Российской Федерации в рамках инициативы «Десятилетие науки и технологий». Партнером проекта выступила компания BioinnLabs. #Биомолекула_БиологияВРоссии